在审判实践中，由于间接证据与案件主要事实没有直接关系，所以运用起来不如直接证据方便。但是，不能因此低估间接证据的功能，间接证据具有十分重要的功能。它的功能是：
1.排除犯罪嫌疑功能;2.发现和获取直接证据的线索功能;3.鉴别、印证、强化直接证据的功能;4.独立的证明功能。
据证明理论和司法实践经验，在完全运用间接证据定案的情况下，必须遵守以下规则：
1.每个间接证据都是依法取得且已查证属实。证据是认定案件事实的依据，首先，必须审查间接证据的来源和表现形式是否符合法律规定。其次，对每个间接证据必须经过庭上质证，查证核实。
2.间接证据必须与案件事实存在客观的内在联系。如果间接证据证明的是一堆相互不能结合的事实，这样的间接证据即使再多仍然不能定案。
3.间接证据必须有足够的数量，使证据形成一个完整的、严密的证明体系。依靠个别的证据定案显然是不行的，只有形成了一个完整的证明体系，才能定案。
4.间接证据之间，间接证据与案件事实之间必须协调一致，没有矛盾。只有这样，作出的定罪结论才有可靠的依据，才能具有无懈可击的说服力。在证据之间存在矛盾的时候，切忌随意舍弃矛盾证据，勉强或者草草定案。
5.间接证据的证明体系必须足以排除其他可能性，能得出被告人有罪的惟一结论。刑事案件有其自身特点，且认定案件事实要达到排除合理怀疑的程度，其判决的严厉性高于民事判决，这就对证据的证明力要求较高。
在没有直接证据情况下，同时具备上述条件的间接证据就可以作为认定案件事实的依据，对被告人再作出有罪判决。
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